公元1227年，敦煌陷落在蒙古人手中。1314年，元朝在敦煌和安西设立了屯储总管府。

    敦煌莫高窟现在还保存有一块用汉、八思巴、藏、梵、西夏、回鹘等六种文字刻成的《六字真言碑》，是由当时镇守敦煌的西宁王速来蛮和他的妃子等人于公元1348年共同建立的。他们还在莫高窟重修了皇庆寺，开凿了洞窟。还有一位西宁王牙罕沙也曾由四川前来敦煌驻守。

    莫高窟第332窟是初唐时期开凿完成的，到五代以后，它的前室和甬道信徒们重新涂绘过。甬道的南壁有三身男供养人像，他们头戴卷沿笠帽，帽子后面有垂巾，身穿窄袖长衫，外套半臂，肩上装饰着比肩，脚上穿着毡靴。他们的身后还有两位侍从画像。这种装束与我们在前面提到的吐蕃人、回鹘人、西夏人服装都不相同，而是中国古代蒙古族骑士的装束。在第332窟的甬道北壁，还画着两身女供养人像，头上都戴着高高的"顾姑冠"，身上穿着晕花大袖长袍，拖曳到了地面，脚上穿靴。第一位女供养人身后有一侍女正牵提着她的衣襟，前面还有一个小孩儿拿着一枝花。他们都是古代的蒙古贵族妇女形象。

    敦煌地区在元朝统治时期，除居住着蒙古人、党项人和汉人外，还有很多回鹘人、吐蕃人。回鹘人从事农业和商业，吐蕃人从事畜牧业。西方的波斯、大食、印度等国家的使节、僧侣和商团，也是沿着古老的丝绸之路，取道敦煌而到达中国内地，进行贸易往来和文化交流的。公元1271年，著名的意大利旅行家马可·波罗曾经游历敦煌，在《马可·波罗游记》中，我们还能见到关于敦煌城的描述。概括来说，元代的敦煌，是一个农业经济有所发展、社会环境相对安定、商业贸易往来频繁的西北军事重镇。

    喇嘛教即"藏传佛教"。喇嘛就是"上人"、"上师"的意思。早在成吉思汗时代，蒙古族的统治者就试图把喇嘛教作为联系西藏上层人物的重要纽带。

    在莫高窟，现存的元代洞窟约有十所，它们是第1、2、3、95、149、462、463、464、465、477窟，大部分是新开凿成的。另外，还在前朝有的洞窟中补绘了一些新壁画。元代新开凿的洞窟形制，大体上可以分为三种：1、平面呈方形的覆斗顶窟，一般在西壁开出一所佛龛，如第1、2、3窟，仍然是隋唐时代流行的佛殿形式；2、主室的平面呈长方形，在后部立一个中心塔柱，柱的正面开出一所佛龛，如第95窟；3、主室的平面呈方形，地面中心设立一个圆坛，如第465窟。另外，第477窟中心有马蹄形佛坛，第462窟的前部是人字披顶，后部为平顶，第463窟后部有平棊的形式，很可能是重新整修前代的洞窟后造成的。其中第三种洞窟的内容，就是来自西藏的喇嘛教艺术。