公元1226年，蒙古攻占了敦煌，从此开始了敦煌历史上的元朝时期。蒙元王朝十分重视敦煌的保卫和建设，置沙州路，驻扎重兵军屯。先是在沙州大力发展农业和手工业，弘扬各种宗教文化，以至于意大利人马可·波罗路过时看到一个安定繁荣的沙州。后来，蒙元王朝将数万民众东迁至甘、肃二州之间从事农耕。从此，元代的敦煌变成单一的军屯区，直到明朝占领为止。
　　元朝时期，莫高窟的洞窟营造活动也很频繁，新建和重修都有。新建者如3窟、462窟、463等窟；重修者如61窟甬道、464窟前室等，都是具有其时代性和代表性的佳作。同时，元代皇庆年间（公元1312年前后）还于61窟前营建了皇庆寺，该寺又于至正十一年（公元1351年）进行过重修并留下了《重修皇庆寺碑》，碑云：“沙州皇庆寺历唐宋迄今，岁月既久，兵火劫灰，沙石埋没。”“速来蛮西宁王尚佛教，施金帛、采色、米粮、木植，并工匠重移之。”施主有佛教的“智宝法师”，又有基督教的“黄教士”。
　　著名的《莫高窟》六字真言碑也是元代至正八年（公元1348年）所镌刻的。从中得知“莫高窟隶属于元代沙州路。功德主速来蛮西宁为元宗室太祖子拖雷之七世孙”。以上两块元碑现均存莫高窟。
　　而且元代在莫高窟还营造成了现存最早表现藏传佛教内容的465等窟，虽然窟内没有留下原建时代的铭文，但其在历史、文化和艺术等方面的价值非常高。
　　元代以后，政府对莫高窟几乎只有维修，而很少再有营造了，其中明代的敦煌历史几乎是空白。

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2002年12月24日